Otázky:
- Motif finding
- Global alignment
- Fitting problem
Napsal jsem vše na cca 1.5 strany - typy jsem jen vyjmenoval, definici jsem dal tu co má jako popis problému (vstup, výstup, ... - je fajn popsat co které parametry znamenají), projekční algoritmus ho zajímal velmi a to včetně EM a jak zhruba funguje - tam jsem měl trochu mezery ale společně jsme to vymysleli.
Global alignment - definice + N-W algoritmus + jak se sestavuji hodnotici tabulky (to jsou takove ty BLOSUM/PAM)
Napsal jsem definici stejně jako u Motif finding, N-W jsem popsal zběžně, pak se doptával a já mu vše co ho zajímalo dořekl - byl s tím spokojen .
Pohořel jsem na tabulkách - totálně jsem se zamotal a popletl všechno se vším. Vysvětlil mi znovu jak to vlastně funguje.
Fitting problem - máme jednu dlouhou sekvenci a druhou kratší a chceme zjistit, které části delší sekvence se podobá celá ta kratší sekvence - tedy děláme něco mezi lokálním a globálním alignmentem.
To jsem měl celé dobře, byl spokojený.
Celkově mi dal za 1, což jsem byl trochu překvapen. Velmi milá zkouška.